In punkto Verwaltung macht der neue Windows-Server ebenfalls Fortschritte, indem er die Konfiguration von Anwendungen für den Terminalbetrieb über Gruppenrichtlinien erlaubt. Administratoren müssen Einstellungen daher nicht mehr pro Server vornehmen, sondern können dies übergreifend an zentraler Stelle erledigen. Beim Einsatz mehrerer Maschinen bietet die Enterprise-Edition von Windows über ihre Cluster-Funktionen zusätzliche Skalierbarkeit und Ausfallssicherheit. Das "Network Load Balancing" (NLB) kann die Arbeitslasten zwischen maximal 32 Servern auf Netzwerkebene verteilen.
Auch aus der Sicht des Endanwenders reduziert der neue Windows-Server den Bedarf an ergänzender Software. Die aktuelle Version 5.2 des von Microsoft benutzten Remote Desktop Protocols (RDP) bietet viele Funktionen, die man vorher von Citrix zukaufen musste. Dazu zählen die maximale Farbtiefe von 24 Bit (True Color) und die Möglichkeit zur Nutzung von Geräten, die lokal am Arbeitsplatz-PC installiert sind. Der Vorteil von Citrix
Gerade auf der Client-Seite fällt der Vorsprung von Citrix trotz der Fortschritte von RDP noch deutlich ins Auge. Das von der Thin-Client-Company benutzte ICA-Protokoll erlaubt die nahtlose Integration von entfernt ablaufenden Programmen in den Desktop, so dass sie von der Bedienung her nicht mehr von lokalen Programmen unterscheidbar sind. RDP erlaubt zwar nicht nur das Einblenden des gesamten Server-Desktops, sondern auch die Ausführung von einzelnen Anwendungen. Solche im Fenster ablaufende Programme befinden sich aber innerhalb eines weiteren Terminalfensters.
Ein wesentlicher Unterschied zwischen Citrix und Microsoft besteht seit den Anfängen des Terminal-Servers darin, dass der Windows-Hersteller RDP-Clients nur für seine eigenen Betriebssysteme anbietet. In heterogenen Umgebungen führt daher kaum ein Weg an ICA vorbei, das in Ausführungen für eine Vielzahl von Plattformen existiert. Allerdings hat Microsofts Zurückhaltung bei Fremdsystemen dazu geführt, dass Nischenanbieter diese Lücke mit ihren RDP-Implementierungen füllen. Dazu zählt etwa die deutsche HOB GmbH mit ihrem in Java geschriebenen "HOBLink JWT" oder Thinsoft mit "Win Connect". In der Open-Source-Welt gibt es mit R-Desktop ein freies Frontend für Linux.
Die Client-seitigen Features von Citrix sind indes nur im Verbund mit der Server-Erweiterung "Metaframe Presentation Server" zu haben. Dieser realisiert ICA auf dem Backend und veredelt Microsofts Terminaldienste mit einigen Zusatzfunktionen. Dazu gehört ein intelligentes Load Balancing, das im Gegensatz zum Microsofts NLB die Anfragen nicht nur aufgrund der Netzwerkanfragen an die Server verteilt ("Round Robin DNS"). Vielmehr wertet Citrix die tatsächliche Belastung der Server aus und entscheidet anhand dieser Daten, auf welchen Rechner der Benutzer gelenkt wird. Da Metaframe die dynamische Lastenverteilung als Teil seiner eigenen Thin-Client-Infrastruktur mitbringt, reicht dem System bereits die Standard Edition des Windows-Servers.
Ein weiterer Vorteil der Citrix-Erweiterung gegenüber dem bloßen Terminal-Server besteht in verbesserten Management-Funktionen, die etwa bei der Installation von Software in eine Server-Farm von Nutzen sind. Darüber hinaus ergänzt Citrix seine Thin-Client-Infrastruktur um Kommunikationskomponenten, die ein weiteres Unterscheidungsmerkmal gegenüber dem bloßen Windows-System bieten sollen. Dazu zählen ein sicheres Gateway ("Secure Access Manager") für den Zugriff auf firmeninterne Terminal-Server über das Internet, eine Lösung für Single-Sign-on ("Password Manager") sowie der "Conferencing Manager", der mehreren Benutzern die gemeinsame Verwendung einer Anwendung erlaubt. Diese zusätzliche Software ist Teil der umfassenden "Access Suite" oder kann separat erworben werden.